孙一奎，字文垣，号东宿，别号生生子，安徽休宁县人。生活于明代嘉靖至万历（公元1522－1619年）年间，是我国明代著名医家。
明王朝建立以后，结束了蒙古贵族的残暴统治，民族矛盾得到缓解，社会比较安定，农业很快得到发展，手工业、商业也随之繁荣起来。明中叶以后，商品经济已有了相当程度的发展，资本主义萌芽普遍发生，这种新的形势必然有力地推动医学的发展。明代在我国医药学发展史上占有光辉的一页，医学界名家迭出，著述丰富，在众多著作中，尤以《赤水玄珠全集》显得颇具风采，其作者就是“新都之巨阀穷檐、三吴之显贵隐约、糜不饮其汤液而称有喜”的孙一奎。
孙一奎天资丰厚，年幼时即聪慧过人。小时候学《易经》，只经塾师稍事点拨，竟能了然，昭明大义。他的老师也对他的天资之厚感到惊奇。而后，学习儒业很有收获。但嘉靖以后，朝中奸佞当道，闭塞贤路。朝廷的腐败使弃仕途而转医者大量出现，同时孙一奎也清楚地看到父辈苦苦攻读，却身体疲惫而更加虚弱，以及仕途的艰辛，从而使他萌发了“不为良相，即为良医”的念头。一次至括苍（今浙江丽水东南）看望哥哥，遇到仙人传授神秘方书，读后顿时觉得领悟很多，医疗实践中多能收到效果，于是立志舍儒从医。
开始学医时，孙一奎苦读医籍，不论寒暑，都十分专注。上至《灵枢》、《素问》、《难经》，下及古今名家，无所不及，对儒、释、道三教经典中与医学有关的部分也无不猎及。研习三年之后，他觉得呆在一个小地方，眼光比较狭窄，不如多方求教，才能扩大视野，于是决心离家远游，寻师求教。他的足迹踏遍江南，一边行医，一边寻求有识之士，博采众长，不拘门户，凡遇高明的人就虚心而尊敬地来到他跟前，和他探求医理。后来曾随徽州黟人黄古潭先生学习。古潭先生治病常有超常见解，孙一奎凡是遇到疑难的病证，都会向他请教，对临床中一时不能下诊断而犹豫不决的，决不轻易放过。一次，一奎的弟弟外出旅行，路上感受热邪，加上过于疲劳，突发左胁痛，痛处皮肤色红而且出现水泡疮，医生断为肝经郁火，用泻肝的常用方剂给他服用，病痛反而加重，孙一奎心里不明白，于是带他弟弟前去询问先师黄古潭先生，先生对他讲明医理，弃苦寒之品不用，以免引起燥邪资生的弊端，而纯用甘寒药物，重用瓜蒌，加粉草、红花，一剂而愈。黄古潭的高超医术，使孙一奎在医理和临证诊疗上受惠不浅。
经过三十年的勤求博采，刻苦钻研，孙一奎耳目渐广，经验渐丰，终于达到了理论上“镜莹于中”，实践上“投剂辄效”的境界。其医术已有非常的造诣，为人决断死生多能应验。临证投剂常常使顽固的疾病治愈，从此医名显赫，名士显宦争相交往。期间诊余之时，先后著有《赤水玄珠》30卷，《医旨绪余》2卷，《孙文垣医案》5卷，后来合称为《赤水玄珠全集》。
“赤水玄珠”之名，取之于象罔得珠故事。《庄子·天地》载：黄帝出游到赤水之北，登上昆仑山，回来后，发现他的玄珠遗失了，于是先后派知、离朱和喫诟等人去寻找，都没有得到。黄帝又指派象罔去，象罔找到了。象罔为虚拟人物，亦作罔象，意思是似有而无，即不在意的意思，以不在意故能独得玄珠。《赤水玄珠全集》对后世医学界产生了重要的影响，并给后学医者留下了宝贵的财富。
孙一奎在学术上，融汇儒、释、道三教的理论，深研《内》《难》，兼采前贤的长处，在命门、三焦、相火等问题的研究上颇多建树，尤其以太极之说演绎医理，首创“命门肾间动气说”，为肾命学说的深入研究开创了一个新的局面。其“三焦为气母，有经无形，总只一而已”之说，也得到后世医家的赞许。孙一奎明辨“正火”、“邪火”，严格把相火与五志淫火区别开来，使虚损诸疾的治疗原则得到了匡正与补充。对其宗师朱丹溪“阴常不足阳有余论”进行了诚恳的批评，这种严肃的科学态度是十分可贵的。孙一奎在临床上精思明证，诊病精确，倡不执方说，治疗疾病多巧发而奇中。他在医学理论和临床实践方面的卓越成就，对后世产生极深远的影响。综观其《赤水玄珠全集》，孙一奎既荟萃了前贤各家的精粹，又善于在临床上采用各家之长，从他的学术特点看，很难把他归属于哪一个学派。他是一个积极反对分别学派的学者，在“列张、刘、李、朱、滑六名师小传”中，他根据诸师所处的社会环境不同，对他们的贡献做出了正确的评价，他说：“仲景不徒以伤寒擅长；守真不独以治火要誉；戴人不当以攻击蒙讥；东垣不专以内伤树绩；‘阳有余阴不足’之谭不可以疵丹溪；而樱宁生之长技，亦将与诸公并称不朽矣。”由此可见，孙一奎善采诸家之长，反对标榜门户，恪守一家之言，其学术观点无不包涵着历代前贤的学术精华，真可谓是百脉一宗了。
但是，孙一奎所处的时代，正是上至帝王，下至百姓都笃信道教而不能自拔的时代，所以道家对他的影响最深。在他的医学著作中必然要夹杂一些荒诞的内容，如《赤水玄珠·虚怯虚损痨瘵门》中所述的“方外还丹”“环丹秘要论”及取“红铅”，取“梅子”等诸法，实为道家用以惑人的谬论。《四库全书总目提要》批评说：“专讲以人补人采炼之法，殊非正道。”“遂为全书之大瑕”。另外《孙氏医案》中也有多笔之处。《四库全书总目提要》说：“傍文多于正论，亦为冗漫，盖大意主于标榜医名，而不主于发挥医理。”这些不当之处，就全书来看仅是支流、末节而已，丝毫不影响孙一奎杂病大家的风度。
